專案詳細資料
說明
隨著高通量及系統性基因體定序技術的發展,我們已能全面鑑定可能會致癌之體細胞突變基因。 然而,從基因到表達出蛋白質是經由嚴密的轉錄及轉譯調控,文獻曾提出許多mRNA 會被無意義介導 降解或轉譯以至於無法產生穩定且具有功能的蛋白質,從突變基因所製造出的突變蛋白質表現量仍未 被詳細探討。以質譜為基礎的蛋白體技術是準確鑑定胜肽及蛋白質的主要工具,透過整合蛋白體與具 有突變之癌症基因體,意即進行腫瘤蛋白質基因體學之研究,將有助於確認基因轉譯並鑑定專一於癌 症之突變蛋白質。為了達到此目標,我們專注於開發以質譜為主之定性與定量策略,並將其應用於癌 症專一突變之腫瘤蛋白質基因體學研究。為了建立並印證新技術,我們以非小細胞肺癌與現今臨床使 用之標靶治療標的EGFR 激酶區域突變為研究模式。EGFR 激酶區域上的突變已知與肺腺癌病人接受 EGFR 抑制劑的治療反應相關,但到目前為止,不同的EGFR 突變所導致突變蛋白質表現量與交互作 用分子網絡的變化仍不清楚。 在此計畫的第一年(2016/08~2016/12),我們已經完成三項基礎技術之建立,包括建立客製化突變 蛋白質序列資料庫並評估其統計效力、在我們過去收集之非小細胞肺癌組織膜蛋白體資料中確認 EGFR 蛋白質的突變狀態,以及建立EGFR 蛋白質之親和純化法等,與兩項初步測試。根據現有的研 究進展,我們規劃在未來兩年內完成五項目標:(1)進行40 種EGFR 突變蛋白序列之生物資訊分析以 預測能水解出可被偵測且為突變特有胜肽之酵素,以利液相層析串聯質譜儀偵測所有的EGFR 突變; (2) 建立可準確鑑定突變胜肽之質譜分析策略,其中包含EGFR 純化、多重酵素水解、液相層析串聯 質譜偵測,及使用不同演算邏輯之搜尋引擎來進行客製化資料庫搜尋等,此外,也使用合成之突變胜 肽建立突變胜肽圖譜庫,經由圖譜相似度比對來協助確認鑑定突變胜肽的可靠性;(3)我們將針對EGFR 原生及突變胜肽建立併行反應監測質譜分析技術,以測量其在細胞中之絕對濃度;(4)此項技術將進一 步應用於一系列帶有不同EGFR 突變之非小細胞肺癌細胞株上,測量各種突變及相對應之原生EGFR 蛋白在細胞中之含量,並且同時分析不同EGFR 突變所引發之交互作用蛋白體;(5)最後,透過整合 RNA 表現量、EGFR 突變蛋白表現量及其蛋白質交互作用差異等數據,將有助了解EGFR 突變在不同 分子層次所產生的影響及其與癌症進程、EGFR 抑制劑治療反應之相關性。我們期許此計畫所發展的 質譜分析策略將會是腫瘤蛋白質基因體學的研究利器。
狀態 | 已完成 |
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有效的開始/結束日期 | 8/1/18 → 7/1/19 |
Keywords
- 腫瘤蛋白質基因體學
- 質譜儀分析
- 突變EGFR 蛋白質
- 非小細胞肺癌
指紋
探索此專案觸及的研究主題。這些標籤是根據基礎獎勵/補助款而產生。共同形成了獨特的指紋。