利用基因拷貝數變異及轉錄組定量綜合分析找出與卵巢亮細胞癌具紫杉醇高抗藥性的相關基因

卵巢亮細胞癌（OCCA）不似其它上皮性卵巢癌，在各種特性的呈現上均有其獨特性. 對上皮性 卵巢癌的治療準則以鉑化合物合併紫杉醇(platinum agent combined with a taxane)為主，但OCCA 卻對 此種化療藥物多會有多高的抗藥性，且其預後也較差。現有的資訊指出有多種機制可以解釋上皮性卵 巢腫瘤對化療藥物產生抗性的原因，但這些都無法解釋卵巢亮細胞癌具高紫杉醇抗性的特質且未能解 析此種具高抗藥性的OCCA 癌細胞中究竟發生了什麼改變讓癌細胞得以於藥物存在的壓力下存活。為 了解其中的基因機制，我們利用比較基因組雜交微陣(CGH microarray)分析OCCA 癌細胞株ES-2 及在 本實驗室中建立對紫杉醇具更高抗性的ES2TR120 及ES2TR300 細胞株在基因體上全面性基因拷貝數 的變異，並以轉錄組定量(RNA sequencing)綜合分析找出在原始ES-2 及篩選出的ES2TR 細胞間表現差 異的基因。在所偵測到的基因拷貝數變異中，相較於原始ES-2 細胞，在兩株ES2TR 細胞中同時有135 個基因其基因拷貝數是增加的、而有305 個基因其基因拷貝數是減少的；就具表現差異的基因分析， 在兩株ES2TR 細胞中同時有18 個基因表現量較在原始ES-2 細胞中有顯著的增加，而有55 個基因表 現有明顯下降。經功能性註解及生物反應路徑欉集分析這些可能的標的基因多數參與細胞間訊息傳 遞、細胞黏附、細胞運動、生長分裂以及代謝反應過程。我們因此提出本三年計劃針對假說：長期紫 杉醇的作用可能在基因體上造成基因拷貝數的變異並改變基因的表現，而促使細胞骨架的重整、不正 的訊號指引、改變細胞黏附及移動能力甚至上皮-間質細胞的轉型，而改變癌細胞因應藥物的壓力而發 生細胞凋亡、自噬、及細胞衰老的能力，讓特定的一群癌細胞得以存活而呈現高抗藥性的能力。以下 是本計化預期達到的目標：以下是本計劃所欲完成的明確目標:目標一(計劃第一及第二年):驗証經註解 與細胞間訊息傳遞、細胞黏附、細胞運動、生長分裂有關的基因拷貝數變異及表現差異基因，並確定 這些變異與OCCA 對紫杉醇高抗性的相關性。目標二(計劃第二年):評估修正基因拷貝數變異及基因表 現差異以降低OCCA 對紫杉醇高抗性的可能性。目標三(計劃第二及第三年):瞭解基因拷貝數變異及基 因表現差異是以那些機制改變細胞逃避紫杉醇毒殺呈現對紫杉醇的抗性。本研究成果將會提升我們對 OCCA病人臨床上對化療藥物產生抗性機制上的瞭解，並找出經藥物作用後在基因體層面的預後標誌。